Образовательное учреждение изначально носило название Новомихайловская восьмилетняя школа, а в 1989 г. было реорганизовано в Новомихайловскую среднюю школу на основании Алтайского района Совета народных депутатов от 28.02.1989 №41.

Новомихайловская средняя школа была реорганизована в Государственное образовательное учреждение "Новомихайловская средняя общеобразовательная школа" (ГОУ "Новомихайловская СОШ") на основании постановления администрации муниципального образования Алтайский район от 04.10.2000 №314. 

В 2003 году школа вновь меняет имя: Государственное образовательное учреждение "Новомихайловская средняя общеобразовательная школа" (ГОУ "Новомихайловская СОШ") становится Муниципальным образовательным учреждением "Новомихайловская средняя общеобразовательная школа" (МОУ "Новомихайловская СОШ") на основании постановления Администрации муниципального образования Алтайский район от 19.11.2011 №680.

С 2015 года по настоящее время школа носит название Муниципальное бюджетное образовательное учреждение "Новомихайловская средняя школа" (МБОУ "Новомихайловская СШ").